Przechowywanie dokumentów musi odbywać się w określony sposób, przy zachowaniu ochrony danych zarówno w dokumentacji tradycyjnej, jak i znajdującej się na nośnikach elektronicznych. Instytucja zajmująca się gromadzeniem danych ma obowiązek przedstawić metody ochrony dokumentów i formę ich archiwizowania.
Wszelkie dokumenty pochodzące z inwentaryzacji oraz dowody księgowe muszą być zachowane w oryginale, ponieważ kserokopie nie maja mocy prawnej. W zależności od rodzaju dokumentów, obowiązuje różny termin ich przechowywania, choć przeważnie jest to pięć lat. Pięcioletni okres archiwizacji dokumentów dotyczy następujących oryginałów: księgi rachunkowe, karty wynagrodzeń pracowników, dokumenty z inwentaryzacji, akta opisujące sposób prowadzenia rachunkowości, a także inne dokumenty księgowe. W przypadku wszystkich reklamacji i rękojmi oryginały należy zachować rok po upływie ich terminu. Zawsze trzeba pamiętać, że obowiązujący czas przechowywania liczy się od roku następującego po roku obrotowym, a zatem okres zawsze jest nieco dłuższy, niż wynika to z przepisów. Zakładając, że firma powstała np. w styczniu danego roku, archiwizacja dokumentów będzie liczona od początku następnego, czyli rzeczywisty czas wyniesie w tym przypadku niecałe sześć lat.
Wszystkie akta mogą być w każdym momencie udostępniane zainteresowanym wyłącznie na terenie placówki, w której są archiwizowane. Wynoszenie dokumentacji odbywa się zawsze za specjalnym zezwoleniem i również musi być pisemnie odnotowane. To samo dotyczy miejsca, do którego papiery zostały przeniesione.
Podczas prowadzenia działalności, bardzo ważna jest archiwizacja dokumentów księgowych, a także ochrona ich przed zniszczeniem, czy zmianą danych. Księgi rachunkowe muszą być prowadzone w siedzibie firmy. Oczywiście, prowadzenie ksiąg można powierzyć biurom rachunkowym, które posiadają odpowiednie uprawnienia. Zawsze jednak trzeba ten fakt zgłosić do odpowiedniego urzędu skarbowego. Przedsiębiorca ma na to miesiąc czasu.
Archiwizacją dokumentów zajmują się firmy, które z reguły mają pod swoją opieką od kilkunastu do kilkuset przedsiębiorstw, w zależności od wielkości danej placówki. Niektóre z akt są przechowywane nawet kilkadziesiąt lat. Z reguły jednak część dokumentów kończy swój żywot po upływie obowiązującego okresu prawnego. Trzeba jednak zwrócić uwagę, że odgórny obowiązek archiwizacji dokumentów wymusza na przedsiębiorstwie porządek i ład we wszystkich papierach, co znacznie ułatwia pracownikom wgląd we własne akta.